Program studi pendidikan matematika memiliki Laboratorium yang berlokasi di Gedung A Lantai 2 FKIP Universitas Mulawarman. Laboratorium Komputer program studi pendidikan matematika memiliki dua ruangan, dengan fasilitas komputer berspesifikasi tinggi yang dilengkapi dengan software-software untuk komputasi matematika dan statistika. Laboratorium Komputer ini disediakan oleh program studi pendidikan matematika FKIP Universitas Mulawarman untuk memfasilitasi mahasiswa-mahasiswanya dalam proses perkuliahan yang memuat materi komputasi (khususnya Matakuliah Praktikum).